1 - PRESBITERIO

En el mismo se encuentra un gran lienzo que representa el Triunfo de la Santa Cruz en la batalla de las Navas de Tolosa y es obra de Ramón Bayeu. La composición de dicho cuadro está resuelta con acierto pero presenta ciertos anacronismos en la indumentaria. La escena recoge el momento de la procesión organizada por el Rey Alfonso VIII tras la victoria sobre los almohades en la famosa batalla de las Navas.

Sobre este lienzo, en un medio punto situado por encima del entablado, existe otra pintura con el tema de la Invención de la Santa Cruz por Santa Elena, obra de José Luzán Martínez.

2 - SACRISTÍA

Destaca en la misma una gran talla de Cristo crucificado, que puede datar del siglo XVIII y es muy similar a la imagen del altar del Santo Cristo.

3 - NUESTRA SEÑORA DEL PILAR

Presenta a la Virgen sobre la columna flanqueada por dos ángeles, tal como aparece en la basílica del Pilar. Se cree que puede ser obra de Manuel Bayeu por su semejanza con una estampa de este pintor grabada en 1798 por Mariano Latassa.

El escudo superior presenta las armas de los marqueses de Estepa, grandes benefactores de la iglesia.

4 - SAN MIGUEL ARCÁNGEL

El cuadro es obra de José Luzán Martínez (1780) y es copia de uno de Guido Reni existente en el convento de los capuchinos de Roma. Bajo el lienzo hay tres medallones, dos laterales con escenas de la Virgen y sus padres, y en el centro la advocación de la Virgen del Rosario. El escudo es de la familia Franco Villalba.

5 - SANTA ROSALÍA

Con las armas de la familia de Andrés de Uztarroz. Se desconoce su autor. Representa a la Santa a la entrada de la cueva donde se retiró a orar.

6 - SAN FÉLIX Y SAN VOTO

El pintor de este lienzo es posiblemente Juan Andrés Merklein, que se limitó a copiar al óleo, con ligeras variantes, un grabado realizado con el mismo asunto por el grabador zaragozano José Beratón en 1741. El lienzo representa a los hermanos en el momento de encontrar el cadáver incorrupto del venerable Juan de Atarés en la cueva de San Juan de la Peña.

Según esta leyenda hacia el 920 el conde aragonés Galindo Aznares II fundó un monasterio en el lugar del legendario suceso y donde se edificaría, posteriormente, el monasterio viejo de San Juan de la Peña.

7 - SANTA ÁGUEDA

Se desconoce su autor. Representa el martirio de la santa.

8 - SAN GREGORIO MAGNO

Se corona con las armas del conde de Atarés. El lienzo es obra de José Luzán Martínez (1780) y representa al santo rechazando la tiara pontificia.

9 - SAN VICTORIÁN ABAD

Este santo, de origen italiano, fue abad del monasterio oscense de Asán durante más de veinte años, hasta su muerte en el 560. Dotó a este monasterio de una Regla que aunaba la vida eremítica y cenobítica (como los cartujos, por cierto) y formó allí a numerosos y destacados discípulos, muchos de ellos luego obispos. La factura de este lienzo es del cartujo fray Manuel Bayeu y perteneció a una cofradía de San Victorián extinguida en 1805.

En el basamento aparece un medallón con la imagen de la Virgen Dolorosa.

10 - SAGRARIO - ALTAR DEL SANTO CRISTO

Es el único de esta iglesia que tiene una imagen tallada. Data del siglo XVIII y posee un minucioso estudio anatómico. La faz conmovedora de Cristo moribundo es expresión de su sufrimiento amoroso.

Como fondo hay un lienzo de Braulio González en el que aparece San Juan y Santa María Magdalena.

Este altar era propiedad de la antigua parroquia.